Part 1 :气泡图
气泡图是散点图的一种变体,一般的散点图反映的是两个连续变量之间的关系。而气泡图通常可以反映三个变量之间的关系,第三个变量一般体现在气泡的大小。当然,如果赋予气泡不同的颜色,那么也可利用其反映四个变量之间的关系。
在实际使用中,气泡图常用于展示基因富集分析的结果。本期使用R包gapminder中现有数据集,基于ggplot2制作气泡图
Part 2 :图像与代码
在加载数据并对数据进行简单的筛选后,很容易做出一个简单的气泡图:
#加载相关包
library(ggplot2)
library(dplyr)
#install.packages("gapminder")
library(gapminder)
#简单的数据筛选,筛选去year=2007的数据,同时将"year"一列删除
data % filter(year=="2007") %>% dplyr::select(-year)
#基本的气泡图
bp1 = ggplot(data, aes(x=gdpPercap, y=lifeExp, size = pop)) +
geom_point(alpha=0.7)
#size = pop ,表示用数据中的pop值来表示气泡的大小
在此基础上,我们只需要增加亿点点细节,就可以得到如下的图像:
#加载相关包
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(hrbrthemes)
library(viridis)
library(ggrepel)
#此处对数据做了简单处理,将pop统一缩小;把数据按pop(气泡大小)降序可以避免大圈出现在图像s行方
tmp_data %
mutate(pop=pop/1000000) %>%
arrange(desc(pop)) %>%
mutate(country = factor(country, country))
bp2
上图中,我们为所有气泡增加了注释,但似乎观感并不好。我们可以有选择的为部分感兴趣的气泡加注释。如果将代码
tmp_data %
mutate(pop=pop/1000000) %>%
arrange(desc(pop)) %>%
mutate(country = factor(country, country))
#及
geom_text_repel(data = tmp_data, aes(label=country), size=3)
改为:
tmp_data data %>%
mutate(
annotation = case_when(
gdpPercap > 5000 & lifeExp < 60 ~ "yes",
lifeExp < 30 ~ "yes",
gdpPercap > 40000 ~ "yes")
) %>%
mutate(pop=pop/1000000) %>%
arrange(desc(pop)) %>%
mutate(country = factor(country, country))
geom_text_repel(data=tmp_data %>% filter(annotation=="yes"), aes(label=country), size=3 )
可以得到下图:
在此基础上,我们可以根据需要修改气泡的大小、配色方案等,以制作出所需气泡图
在上期散点图(1)— 基础散点图中,我们复现了 _Nature Communications_文章中的一幅散点图,并给出了完整代码。实际上,该文章中还使用了如下的散点图,在此我们补充给出复现代码
library(ggplot2)
cols c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7")
crass_impact read.table("crass_impact.txt")
p = ggplot(crass_impact, aes(x = rel_crAss, y = rel_res, color = country)) +
geom_smooth(method = "lm") +
geom_point(aes(shape = crAss_detection), size =9 ) +
scale_x_log10() +
scale_y_log10() +
theme_classic() +
labs(y = "Normalized ARG abundance", x="Normalized crAssphage abundance",
color = "Study", shape = "crAssphage detection") + scale_colour_manual(values = cols)
library(ggplot2)
crass_wwtp
以上使用到的数据集,均可在散点图(1)— 基础散点图文中提供的链接中获取
参考:
- https://www.data-to-viz.com/
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Original: https://blog.csdn.net/NewComerSyt/article/details/123239317
Author: RookieNick
Title: 一起学画图:气泡图—常用于富集分析
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