文章目录
- 0 引言
- 1. ITK-Snap基本功能
* - 1.1 ITK-Snap视图介绍
- 1.2 File菜单
- 1.3 Edit编辑菜单
– - 1.4 Segmentation 图像标注
- 1.5 Workspace
- 2. Tool 工具的使用
* - 2.1 Lager Inspect 查看图像的信息
- 2.2 Active Main Tool
- 3 人工分割
* - 3. 1 多边形分割
- 4 半自动分割的步骤
- 参考
0 引言
由于最近接触了医疗影像的相关领域，特此学习了医疗影像相关的知识，与传统的图像处理领域有许多的不同，医学图像数据采用DICOM格式
DICOM：（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和通信，DICOM被广泛应用于放射医疗，心血管成像以及放射诊疗诊断设备（X射线，CT，核磁共振，超声等），并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用，DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。参考自百度百科https://baike.baidu.com/item/DICOM/2171358?fr=aladdin对于处理DICOM的软件有众多，本文章采用ITK-Snap来进行介绍。ITK-Snap的主要功能是对医学图像进行分割，包括2D与3D的分割，包括人工分割与半自动分割。本文主要介绍ITK-Snap的基本使用，包括基本功能的介绍，医学图像的查看以及医学图像的标注
ITK-Snap官网：http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php， 官网提供下载
官网的例子：http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Downloads.SNAP4
- ITK-Snap基本功能
1.1 ITK-Snap视图介绍
在刚开始使用软件的时候，可能上来就被该软件的视图搞蒙了，类似于咱们数学上的三视图，但是他是从CT扫描的视角观察的
三个切片窗口分别为：
- 轴向面（Axial）
- 矢状面（Sagittal）
-
冠状面（Coronal）
-
常用的有轴向面与冠状面，可以帮助我们进行空间上的定位与标注
- 显示一个主图
- 对当前进行截图
- 使用大小
; 1.2 File菜单
- 常用的打开功能，这里不多介绍，会使用基本的软件路径打开即可
-
重点介绍ITK-Snap特有的功能
-
Add Another Image可以进行 不同DICOM文件的融合，比如不同段的CT扫描图像 save Image -> main Image可以对文件进行另存export导出文件:
Image Slice单对切面的导出，导出的格式为png， 不包含标注的图像Screenshot / Screenshot Series将图片导出为截图的格式，包含了图片的标注信息。与导出切片不同，导出的截图与图像在软件中的显示是一样的，常用于一些图像的说明
1.3 Edit编辑菜单
Undo撤销，Redo重做Foreground Label与Background Label是不同标注之间的关系
; 1.3.1 个性化标注
Active Label为激活的标签，表示当前使用的标柱类型，此时选择label 1为红色，说明使用红色进行标注paint Over为允许标注的范围，All labels允许对所有的标签进行标注，包括覆盖之前的标注；All visiable label是对所有可见的标签进行标注，如图，红色所在的位置则不能标注，
paint over续：使用Active Label=Label1; paint Over=Clear Label标注时，只允许对没有标注的区域标注，如图，同样的，如果paint over=Label1(red)， active label = label3则蓝色只能在红色上标注
Zoom对区域进行缩放Layer处理添加的不同的层，比如：CT扫描的不同段Slice Annotations -> Toggle....可以去掉视图的标注信息，Slice Annotations -> Annotation Preference可以对标注的格式进行设置
1.4 Segmentation 图像标注
Open Segmentation打开标注的文件，标注的文件为.nii格式，可以直接进行拖拽的方式来获取标注Save Another Segmentation保存标注的图像，格式为nii， 保存的标注格式，可以直接拖拽到原始图像中Unload Segmentation可以将加载的标注去掉Export as Surface Mesh将标签保存为vtk文件Label Editor对Label的相关属性进行编辑
Volumes and Statistics获取空间的统计数据
Appearence对标签进行处理，Appearence -> ToggleVisibility隐藏所有的标签，再次选择则会返回；Increase / Decrease Opacity增加/减少透明度，可以使得标签更明显
; 1.5 Workspace
- 主要用于保存工作空间，有时候工作没有进行完，使用保存的工作空间继续进行以前的工作
-
保存的文件格式为：
.itksnap -
Tool 工具的使用
; 2.1 Lager Inspect 查看图像的信息
-
包括主图信息与标注信息
-
Contrast可用于调整 窗宽窗位，主要是图像的对比度 Color Map可用于调节显示的颜色，比如调节为伪彩，便于观察， 但常用的还是灰度图
info与metadata展示图像的基本信息
2.2 Active Main Tool
-
主要的标注工具
-
Crosshiar Tool即图像中的十字虚线定位点 Zoom/Pan Mode用来缩放图像Polygon Drawing Mode多边形勾选区域，可以设定选定的模式，1）使用Smooth curve2) 使用Polygon多边形PaintBrush Mode用来涂画标注的区域Active Contour Segmentation Mode半自动进行区域的标注Annotation Tool可以标注图像上两点之间的距离，
; 3 人工分割
3. 1 多边形分割
- 选择的曲线为Smooth curve
- 使用多边形工具勾画以后，使用accept获取分割的区域
- 使用
paste last ploygon应用最后的轮廓
- 使用画笔工具进行涂画，选择不同的大小进行边界以及内容的填充， 选择边界自适应填充可以根据不同的CT值，来填充不同的区域
- 自适应画笔的效果
- 最终的效果
; 4 半自动分割的步骤
半自动分割的基本过程：
- 使用矩形框进行框选，并在多个视图中确定区域
- 在左侧进行3D分割
- 看第二个视图， 蓝色为丢弃区域，白色为选择的区域，进行CT阈值的调节，来选择想要的部分。参数调整完毕后，选择next进行下一步操作
- 在要扩散的区域选择点，进行自动扩散
- 观察到区域在不断的扩散
- 3D的结果
参考
- https://www.bilibili.com/video/BV1dK411F7jW
- https://www.bilibili.com/video/BV15B4y1A7ER/
- https://www.bilibili.com/video/BV1rL4y1p7gW
- https://www.bilibili.com/video/BV1634y1X7Nb
Original: https://blog.csdn.net/qq_44776065/article/details/122091276
Author: LiQiang33
Title: ITK-Snap 处理医疗影像
原创文章受到原创版权保护。转载请注明出处：https://www.johngo689.com/631798/
转载文章受原作者版权保护。转载请注明原作者出处！