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在ALS患者NAD+基因预后模型的文献中,提供了NAD+代谢相关基因的集合
来自KEGG和Reactome两个数据库,本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法
1. KEGG
在该数据库中,代谢通路hsa00760表示烟酸和烟酰胺代谢通路,链接如下
https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+hsa00760
从该链接可以看到,通路下包含了许多个基因
通过KEGG API, 可以一次性获取该通路的所有基因列表
http://rest.kegg.jp/get/hsa00760
2. reactome
在该数据库中,R-HSA-196807表示烟酸代谢通路,链接如下
https://reactome.org/content/detail/R-HSA-196807
通过该数据库的PathwayBrowser浏览器可以查看该通路下的所有基因,链接如下
https://reactome.org/PathwayBrowser/#/R-HSA-196807&DTAB=MT
选择Mulecules,可以下载该通路下的所有蛋白,化学小分子和药物信息,示意如下
将这两个数据库的基因列表合并,去重之后就得到了完整了NAD+代谢相关基因的集合。
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Original: https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/124263627
Author: 生信修炼手册
Title: 整理NAD+代谢相关基因
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