终于要开始分析scATAC-seq数据了,联合scRNA-seq就可以做multi-omics,可以深入挖掘TF的调控机制。
基本教程
分析工具
signac – https://github.com/timoast/signac
- QC
- PCA and UMAP
- peak to gene
- integration with scRNA-seq
- DE Peaks
- CoveragePlot
- TF footprinting
2020年2月,Qing Nie团队在Genome Biology杂志发表名为 “scAI: an unsupervised approach for the integrative analysis of parallel single-cell transcriptomic and epigenomic profiles”
在文章中,作者从开发者的角度列出了目前的scATAC-seq分析软件,chromVAR, scABC, cisTopic, scVI,发现每个软件都有一定的不足之处,而从我们软件使用者的角度,其实可以考虑都试试这些工具。
scATAC-seq分析工具当中,比较为人熟知的是ArchR、SnapATAC以及Signac三个R包
应用案例
TF转录因子高级分析
Transcription factors
General and specific transcription factors. Transcription initiation complex & looping. Combinatorial regulation.
待续~
Original: https://www.cnblogs.com/leezx/p/16546704.html
Author: Life·Intelligence
Title: 单细胞开放染色质数据分析 | scATAC-seq | multi-omics
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