单细胞开放染色质数据分析 | scATAC-seq | multi-omics

终于要开始分析scATAC-seq数据了，联合scRNA-seq就可以做multi-omics，可以深入挖掘TF的调控机制。

基本教程

分析工具

signac – https://github.com/timoast/signac

• QC
• PCA and UMAP
• peak to gene
• integration with scRNA-seq
• DE Peaks
• CoveragePlot
• TF footprinting

2020年2月，Qing Nie团队在Genome Biology杂志发表名为 “scAI: an unsupervised approach for the integrative analysis of parallel single-cell transcriptomic and epigenomic profiles”

在文章中，作者从开发者的角度列出了目前的scATAC-seq分析软件，chromVAR, scABC, cisTopic, scVI，发现每个软件都有一定的不足之处，而从我们软件使用者的角度，其实可以考虑都试试这些工具。

scATAC-seq分析工具当中，比较为人熟知的是ArchR、SnapATAC以及Signac三个R包

应用案例

TF转录因子高级分析

Transcription factors
General and specific transcription factors. Transcription initiation complex & looping. Combinatorial regulation.

待续~

Original: https://www.cnblogs.com/leezx/p/16546704.html
Author: Life·Intelligence
Title: 单细胞开放染色质数据分析 | scATAC-seq | multi-omics