单细胞开放染色质数据分析 | scATAC-seq | multi-omics

终于要开始分析scATAC-seq数据了,联合scRNA-seq就可以做multi-omics,可以深入挖掘TF的调控机制。

基本教程

分析工具

signac – https://github.com/timoast/signac

  • QC
  • PCA and UMAP
  • peak to gene
  • integration with scRNA-seq
  • DE Peaks
  • CoveragePlot
  • TF footprinting

2020年2月,Qing Nie团队在Genome Biology杂志发表名为 “scAI: an unsupervised approach for the integrative analysis of parallel single-cell transcriptomic and epigenomic profiles”

在文章中,作者从开发者的角度列出了目前的scATAC-seq分析软件,chromVAR, scABC, cisTopic, scVI,发现每个软件都有一定的不足之处,而从我们软件使用者的角度,其实可以考虑都试试这些工具。

scATAC-seq分析工具当中,比较为人熟知的是ArchR、SnapATAC以及Signac三个R包

应用案例

TF转录因子高级分析

Transcription factors
General and specific transcription factors. Transcription initiation complex & looping. Combinatorial regulation.

待续~

Original: https://www.cnblogs.com/leezx/p/16546704.html
Author: Life·Intelligence
Title: 单细胞开放染色质数据分析 | scATAC-seq | multi-omics

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