conda可以安装大部分生物信息学软件，包括samtools、bwa、bowtie2等。
安装使用：
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行
按照提示进行安装，一直选择yes，在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no。
cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate，输入命令：
chmod 777 activate
. ./activate
当linux命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了，可以输入conda list查看已经安装的软件。
为conda添加频道
conda config –add channels bioconda
conda config –add channels conda-forge
conda config –add channels genomedk
conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
查看已添加的频道：查看已经添加的channels
Conda虚拟环境的使用，可以创建自己的虚拟环境，讲自己需要的软件安装在虚拟环境中，每次只需要进入虚拟环境就可以使用安装的软件。
查看已有的环境：conda env list
conda create -n R14 python=2
-n: 设置新的环境的名字
python=2 指定新环境的python的版本
输入conda activate R14启动这个环境
安装软件：conda install 软件名=版本号
安装R语言：conda install R=3.6
退出conda环境：conda deactivate
Original: https://blog.csdn.net/zjq1322400760/article/details/123480726
Author: zjq1322400760
Title: conda安装
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