VEP是一款强大的注释、分析软件，在我们的变异检测中经常使用其进行SNP、INDEL、CNV和SV的注释，同时借助数据库的内容，对变异结果进行过滤。
如此一款强大和功能齐全的软件，其参数必然会非常之多，对于初次接触的人来说，过多的参数非常影响对此软件的理解和使用，甚至耗费大量时间来安装软件。
笔者也面对了此问题，耗费大量时间在软件调研和安装步骤中，为了方便后来者的快速使用，特此将安装使用心得分享给大家~~~~
一、conda 安装VEP
1、感谢conda的强大，我们可以直接使用conda来安装vep软件，省去了多余的配置问题，但是由于vep涉及到的软件版本和依赖较多，因此建议新建一个虚拟环境来安装VEP，如下：
conda create -n vep
conda activate vep
2、conda 安装VEP 具体安装方式为：（任选其中一个可以跑通的安装方式即可）
To install this package with conda run one of the following:
conda install -c bioconda ensembl-vep==101.0
conda install -c bioconda/label/cf201901 ensembl-vep==101.0
请注意：笔者下载的是 vep=101.0版本，目的是为了与已有的数据库配套，数据库会在后面详解。
3、测试一下安装的VEP是否可以运行，尝试直接在窗口上输入 vep，发现可以跑通了：
(vep) [xxx@xxx]$ vep
Possible precedence issue with control flow operator at /pwd/envs/vep/lib/site_perl/5.26.2/Bio/DB/IndexedBase.pm line 805.
#----------------------------------#
ENSEMBL VARIANT EFFECT PREDICTOR #
#----------------------------------#
Versions:
ensembl : 101.856c8e8
ensembl-funcgen : 101.b918a49
ensembl-io : 101.943b6c2
ensembl-variation : 101.819eef2
ensembl-vep : 101.0
Help: dev@ensembl.org , helpdesk@ensembl.org
Twitter: @ensembl
http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/index.html
Usage:
./vep [--cache|--offline|--database] [arguments]
Basic options
=============
--help Display this message and quit
-i | --input_file Input file
-o | --output_file Output file
--force_overwrite Force overwriting of output file
--species [species] Species to use [default: "human"]
--everything Shortcut switch to turn on commonly used options. See web
documentation for details [default: off]
--fork [num_forks] Use forking to improve script runtime
For full option documentation see:
http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_options.html
二、VEP相应数据库下载配置
至此为止，VEP软件安装完成了，我们可以看到VEP的运行参数，但是还不能完全运行VEP软件进行数据分析，因为VEP的运行需要下载相应的database文件，包括：
cache（可以理解成其定义的一系列数据集合，vep可以直接从中调取使用数据），cache数据集版本需需要与VEP软件版本对应，笔者选择的是VEP=101.0 、cache=101.0
参考基因组，我们分析时使用的参考基因组即可
1、cache 数据集下载：
此数据集有多种下载方式：
1）运行VEP软件自带的 INSTALL.pl 进行下载，非常之慢，pass！
仍然顽强附上使用方式，若果运气好网速好，直接都配置完成：
####下载VEP的安装包，里面有相应的下载database的脚本、测试数据
git clone https://github.com/Ensembl/ensembl-vep
cd ensembl-vep
perl INSTALL.pl
2）自行从官网下载，使用wget即可下载：
需要下载cache数据集：
以及参考基因组数据（可以直接使用自己用于比对的基因组）：
同样的非常之慢，但是仍然附上下载方式：
#####cache 数据库
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-101/variation/indexed_vep_cache/homo_sapiens_vep_101_GRCh37.tar.gz
tar xzf homo_sapiens_vep_101_GRCh37.tar.gz
#####参考基因组：
wget -c ftp://ftp.ensembl.org/pub/grch37/current/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gz
3）自制cache数据库，VEP貌似也提供了相应的脚本和说明，感兴趣的可以自己去看。
4）！！！重点来了，最快的获得数据集的方式：笔者提供了下载好的cache数据集，版本为homo_sapiens_vep_101_GRCh37.tar.gz
已经放置于百度云，感兴趣的自行下载，有需要的联系笔者要分享链接吧~~
三、VEP测试
在安装完成VEP、下载好cache文件后，即可进行vep真正的测试，测试方式如下：
####下载VEP的安装包，里面有相应的下载database的脚本、测试数据
git clone https://github.com/Ensembl/ensembl-vep
cd ensembl-vep/examples
vep -i homo_sapiens_GRCh37.vcf --fork 4 -o homo_sapiens_GRCh37.out.vcf --assembly GRCh37 --cache --cache_version 101 --dir /path/envs/vep/share/ensembl-vep-101.0-1 (我们下载的cache文件的路径) --offline --fasta /path/envs/vep/share/ensembl-vep-101.0-1/homo_sapiens/101_GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gz --force_overwrite
测试不报错，同时生成指定名称的文件：
homo_sapiens_GRCh37.out.vcf
至此安装及测试结束~
Original: https://blog.csdn.net/qq_40815731/article/details/123552762
Author: 李毛线的博客
Title: ensembl-vep/VEP 注释软件安装及测试 超简单版（conda vep、百度网盘数据库）
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