转录组测序分析项目及方法汇总
基于生工教学手册-从0开始解读转录组整理
1、常见测序成分及差异分析，可视化方法。
转录组测序分析项目及方法汇总 项目方法工作环境PCA主成分分析vegan packageR package
PCoA
主坐标分析
vegan packageR packageNMDS
非度量多维尺度法
（用以降维分析保留次第关系）
Vegan package
样本距离：bray curtis
聚类树构建：hclust
R样本间间距箱线图样本间距离热图gplotsRAnosim组间相似性分析veganR组表达量差异不同组的箱线图组表达量密度曲线某一表达量占总体的比例表达差异分析DEGseqR基因表达量差异火山图
同时综合p值以及foldchange值
散点图点之间的差异MA图标准化的好坏，看样本的表达趋势
STRING
蛋白互作表达分析
igraphR
差异基因韦恩图
比较不同样本间差异基因的覆盖程度
VennDiagramR差异基因热图gplotsR基因表达聚类分析gplotsR表达模式箱线图通过不同的样本看该类基因表达模式差异
2、基于数据库的差异分析及富集分析
利用差异基因-注释到通路，再注释到功能上，基因-通路-功能。然后通过比较差异基因的数量、对一个功能的匹配程度、p值等信息，富集出有差别得功能，然后讲功能之间再进行关联。然后可以分析基因-基因，基因-功能，功能-功能得关系。
GO KEGG COG/KOG
GO数据库-基因功能体系：分子功能、位置、生物学功能。
KEGG 多维度数据分析及注释。KO即为KEGG注释
COG/KOG 不同物种之间的相同簇的基因成员，体现进化及功能特征。
GO差异基因的GO注释分类柱状图柱状图KEGG差异基因功能代谢通路图KEGG/KO功能富集分析表KEGG/KO功能富集散点图
KEGG/KO
功能富集关联分析
igraph packageR显著性GO有向无环图（DAG）
topGO进行GO富集
clusterProfiler进行功能富集分析
Original: https://blog.csdn.net/weixin_47855187/article/details/123166519
Author: 学海溺子
Title: 转录组测序分析项目及方法汇总(更新中)
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