本文记录于2021年6月28日，2022年11月14日更新，如果内容有误，请私信或评论，我会在第一时间进行更正。
由于许多人好像对 ggplot2所需要的数据的结构不是很清楚，那么我在这里补充一些内容，希望能够帮助大家理解下面的绘图，后续有时间，我也会重新开一个新的帖子，对ggplot2的数据以及各种常用形式的绘图进行更清晰完整的说明。
首先需要强调一下，ggplot2在进行绘图前，基本都需要把数据转化为上图右边的形式，即三个列的形式，对于初始数据并没有太多的要求，矩阵，列表等等。
如果数据是类似上图左边的形式，则只要指定行名然后使用melt函数转换即可，如下：
data
同理，如果想要指定特定的列用来绘图，只需要指定列即可：
data
鉴于有挺多人对该问题有疑惑，我把完整的代码和数据放在这里，希望还有疑惑的同学看一下，如果还是有不明白的地方一起讨论。
Cibersort的数据与代码-算法与数据结构文档类资源-CSDN下载
最近在做cibersort浸润分析，在对结果做可视化的时候遇到一点问题(问题解答蓝字部分)
根据默认的绘图只能进行一组数据的绘制，而我想要的结果是不同组数据同时展示
就是这张图这种，然后在网上查了一下这个问题，虽然R语言相关的可视化问题挺多，但是没有发现这个问题怎么解决。
不过也有一些帖子给了启发，就是导入一个额外的样本表型信息，然后再在代码的fill属性中设置选择样本信息，这对和我一样的小白们讲是比较麻烦的一种解决方法。
后来结合这个思路，我找到了一个解决办法：
这个是原始数据
这个是自己手动添加了分组信息之后的数据
最简单的解决方法就是在数据中对样本直接添加分组信息，根据自己做分析时的分组，直接添加在cibersort的结果中。
代码也只需要非常简单的修改
plot.info_all %
as.data.frame() %>%
rownames_to_column("sample") %>%
pivot_longer(cols = 3:8,
names_to = "CellType",
values_to = "Composition")
plot.info_all
Q&A
1，针对代码”plot.info_all[,c(19,2,20)]”中的”19,2,20″进行一个解释
上面这张图是免疫浸润的结果，这个结果是每个样本的每种免疫细胞的评分，对于每个样本，这些评分的和是1，我们进行免疫浸润的目的就是得到这个占比，以此来进行针对单样本层面的免疫分析。
绘图则是对结果进行可视化的展示，在刚才那行代码中，就是对需要展示的结果进行选择，同时需要结合前面一部分代码：
plot.info_all %
as.data.frame() %>%
rownames_to_column("sample") %>%
pivot_longer(cols = 3:10,
names_to = "CellType",
values_to = "Composition")
注意这部分代码里的”cols = 3:10″，意思是选择刚才那个免疫浸润结果里的第3到10列进行读取
从结果中可以看出，进行列选择之前是24列，选择之后是19列，”19,2,20 “中19 指的是CellType，就是盒图结果的X轴名称，2 指的是分组依据，也就是前面提到的手动添加的分组信息，20 指的是Compostion列，也就是将选择的细胞进行计算之后得到的分值
这里多说一句，plot.info_all的数据是以列的方式进行保存的，在绘图时进行读取并绘图的依据便是前面选择的三个对象
如果绘图时想要根据自己的需求进行选择对象，就可以通过这两处修改进行选择了
2，对两组或任意组直接的差异关系进行对比，并显示
代码如下：
library("ggsignif")
library(gridExtra)
library(tibble)#rownames_to_column
library(ggplot2)
library(grid)
library(reshape2)
library(ggpubr)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(pheatmap)
pkgs %
as.data.frame() %>%
rownames_to_column("sample") %>%
pivot_longer(cols = 3,
names_to = "CellType",
values_to = "Composition")
###分组进行绘图
plot.info_1
此处代码仅供参考
我把代码与数据文件上传了CSDN资源
boxplot.zip_matlabboxplot美化-其它文档类资源-CSDN下载
有兴趣的可以支持一下
Original: https://blog.csdn.net/weixin_52730798/article/details/118314284
Author: 彩虹色的朝阳
Title: R语言包ggplot2绘制多组箱线图
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