2023年05月03日
参考：
分析
先从数据分析开始：
安装
bash;gutter:true;
conda create -c bioconda -n mageckenv mageck # 0.5.9.5
source activate mageckenv
conda update mageck
source deactivate</p>
<pre><code>
;gutter:true;
mageck count -l yusa_library.csv -n escneg –sample-label "plasmid,ESC1" –fastq ERR376998.fastq ERR376999.fastq
mageck test -k escneg.count.txt -t ESC1 -c plasmid -n esccp
分析非常简单，两行代码就搞定了。
原理
Nature Genetics：CRISPR Screen结合生化筛选获得功能基因
也很简单，就是gRNA侵染，然后按marker筛选Clone，然后做差异对比。比如抑制differentiation的gene KO应该富集在KRT20高表达的细胞里。
2023年02月27日
第一代perturb-seq：CROP-seq
- https://www.bocklab.org/resources/crop-seq
- Arrayed screens – 最开始的形式，就是类似smart-seq，低通量高质量高劳力
- combine pooled CRISPR screening – 10x模式
- Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout – nature methods – 2017
- 一句话总结：用lentivirous将sgRNA整合进genome，然后转录成带有polyA的mRNA，然后被固定在bead上的polyT捕获。gRNA依赖polyA。
- 由于盒大小的限制，CROP-seq被认为与多种sgRNA的递送不兼容。
- 第一批应用：Perturb-seq: Dissecting molecular circuits with scalable single cell RNA profiling of pooled genetic screens – 2017 – Cell
第一代其他：
- Dissecting Immune Circuits by Linking CRISPR-Pooled Screens with Single-Cell RNA-Seq – Science – 2016 【CRISP-seq】
- Multiplexed Engineering and Analysis of Combinatorial Enhancer Activity in Single Cells – Molecular cell – 2017 【Mosaic-seq】
第二代perturb-seq：direct guide RNA capture
- Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing – NBT – 2020
- Nature biotech. | 单细胞CRISPR组合化学引导下的精准测序
- 一句话总结：gRNA的捕获不再依赖polyA，而是特定的barcode序列。
第三代ClonMapper【我认为的第三代，可以将静态的RNA-seq变为动态的。】
- Multifunctional barcoding with ClonMapper enables high-resolution study of clonal dynamics during tumor evolution and treatment – 2021 – Nature cancer
- Nature Cancer | 肿瘤异质性和进化研究新利器，同时实现谱系追踪+组学分析
- Control of Lineage-Specific Gene Expression by Functionalized gRNA Barcodes
2022年09月10日
最近才开始摸这部分数据，但也算不错啦，直接上手single-cell的perturb-seq。
Mixscape流程简单易用，已经成功跑完了，结果也很make sense
参考：project/Data_center/analysis/Perturb_seq_Sethi/cellranger
接下来玩一下scMAGeCK
安装
bash;gutter:true;
conda install -c bioconda mageck pysam
大部分时间都在搞格式对接，明明Seurat已经够好用了，且已经整合为seurat格式了，却还是搞出这种畸形的接口，到底是人性使然，不想依附于人，受制于人。
问题：
- 基本原理
- 实际应用
GWAS是在大自然的数据中去筛选疾病associated genes
CRISPR Screening则是在人为的库里筛选疾病associated genes
分析：
- GWAS的最大用途就是大数据，样本量上去了就很好搞，但现在几乎很难搞到大数据了，已经被瓜分得差不多了，就算你有钱也搞不到，样本受医生的控制，适合关系党；
- CRISPR Screening不受限制，有钱就能筛，有一点的实验设计门槛，适合技术党；
核心的原理就是通过对比，找到表型关联基因，非常直接。
研究范文：
- CRISPR Screens Identify Essential Cell Growth Mediators in BRAF Inhibitor-resistant Melanoma – 2020
-
- In vivo CRISPR screens identify the E3 ligase Cop1 as a modulator of macrophage infiltration and cancer immunotherapy target. Cell
参考：
- 精准大海捞针–CRISPR screening专题
Original: https://www.cnblogs.com/leezx/p/15920587.html
Author: Life·Intelligence
Title: CRISPR Screening的应用
原创文章受到原创版权保护。转载请注明出处：https://www.johngo689.com/552399/
转载文章受原作者版权保护。转载请注明原作者出处！